Nokta-matris metotları
Genel Bakış[edit]
Nokta matris çıktıları, iki dizi arasındaki yerel benzerliklerin global resmini sağlar. Şu durumlardda kullanılır:
- büyük dizileri (birkaç 1000 aminoasitlik) karşılaştırmak için
- eğer iki sekansın saptanabilir bir benzerlik paylaşıp paylaşmadığı veya sekansların hangi kısımlarının birbiriyle ilişkili olduğunu önceden bilmiyorsa.
- Protein dizileri içerisinde tekrarların tespiti için
- protein dizileri arasında paylaşılan alanların tespiti için
Egzersiz[edit]
Bu ücretsiz ve herkese açık java uygulamasının size tanıtılması ve bir nokta matris grafik çizmek için kullanılmasını öneriyoruz:
http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet
Uygulama yüklendikten sonra "Giriş" düğmesine basmalı ve istediğiniz protein dizilerini yerleştirmelisiniz. Büyük bir protein sekansı koleksiyonuna sahip iyi bir veritabanı SwissProt' tur. Ancak bu alıştırma için size üç hazır yapıştırılabilir protein dizisi sunacağız:
>sp|P06239|LCK_HUMAN (Name=LCK;)Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK GCGCSSHPEDDWMENIDVCENCHYPIVPLDGKGTLLIRNGSEVRDPLVTYEGSNPPASPLQDNLVIALHSYEPSHDGDLG FEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAG SFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQTQKPQKPWWEDEWEVP RETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHTKVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQLQHQRLVRLYAVVTQEPIYIITEYMEN GSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMAFIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTAREGAK FPIKWTAPEAINYGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMVRPDNCPEELYQLMRLCWKERP EDRPTFDYLRSVLEDFFTATEGQYQPQP
>sp|P16333|NCK1_HUMAN (Name=NCK1;..)Cytoplasmic protein NCK1 (NCK adaptor ... MAEEVVVVAKFDYVAQQEQELDIKKNERLWLLDDSKSWWRVRNSMNKTGFVPSNYVERKNSARKASIVKNLKDTLGIGKV KRKPSVPDSASPADDSFVDPGERLYDLNMPAYVKFNYMAEREDELSLIKGTKVIVMEKCSDGWWRGSYNGQVGWFPSNYV TEEGDSPLGDHVGSLSEKLAAVVNNLNTGQVLHVVQALYPFSSSNDEELNFEKGDVMDVIEKPENDPEWWKCRKINGMVG LVPKNYVTVMQNNPLTSGLEPSPPQCDYIRPSLTGKFAGNPWYYGKVTRHQAEMALNERGHEGDFLIRDSESSPNDFSVS LKAQGKNKHFKVQLKETVYCIGQRKFSTMEELVEHYKKAPIFTSEQGEKLYLVKHLS
>sp|P15498|VAV_HUMAN (Name=VAV1;..)Vav proto-oncogene.[Homo sapiens] MELWRQCTHWLIQCRVLPPSHRVTWDGAQVCELAQALRDGVLLCQLLNNLLPHAINLREVNLRPQMSQFLCLKNIRTFLS TCCEKFGLKRSELFEAFDLFDVQDFGKVIYTLSALSWTPIAQNRGIMPFPTEEESVGDEDIYSGLSDQIDDTVEEDEDLY DCVENEEAEGDEIYEDLMRSEPVSMPPKMTEYDKRCCCLREIQQTEEKYTDTLGSIQQHFLKPLQRFLKPQDIEIIFINI EDLLRVHTHFLKEMKEALGTPGAANLYQVFIKYKERFLVYGRYCSQVESASKHLDRVAAAREDVQMKLEECSQRANNGRF TLRDLLMVPMQRVLKYHLLLQELVKHTQEAMEKENLRLALDAMRDLAQCVNEVKRDNETLRQITNFQLSIENLDQSLAHY GRPKIDGELKITSVERRSKMDRYAFLLDKALLICKRRGDSYDLKDFVNLHSFQVRDDSSGDRDNKKWSHMFLLIEDQGAQ GYELFFKTRELKKKWMEQFEMAISNIYPENATANGHDFQMFSFEETTSCKACQMLLRGTFYQGYRCHRCRASAHKECLGR VPPCGRHGQDFPGTMKKDKLHRRAQDKKRNELGLPKMEVFQEYYGLPPPPGAIGPFLRLNPGDIVELTKAEAEQNWWEGR NTSTNEIGWFPCNRVKPYVHGPPQDLSVHLWYAGPMERAGAESILANRSDGTFLVRQRVKDAAEFAISIKYNVEVKHIKI MTAEGLYRITEKKAFRGLTELVEFYQQNSLKDCFKSLDTTLQFPFKEPEKRTISRPAVGSTKYFGTAKARYDFCARDRSE LSLKEGDIIKILNKKGQQGWWRGEIYGRVGWFPANYVEEDYSEYC
Görünen iletişim kutusuna, öncelikle, hangi proteinin hangisi olduğunu belirtmek için proteinle bağlantılı kısa bir ad girmelisiniz ve ikincisi, yukarıda önerilen protein dizilerinden birini veya SwissProt veritabanında bulunan bir kopyasını kopyalayıp yapıştırın. Kopyalayıp yapıştırırken proteini tanımlayan ilk satırı içermemesine dikkat edin ve seçiminizi yalnızca ilk amino asit harfinden başlatın.
Şimdi, "Tamam" düğmesine basın; iletişim kutusu işlemi başka bir diziyle devam etmenize izin vermek için boş bırakılmıştır. Aslında, bir diziyi kendisiyle karşılaştırmak istemediğiniz sürece, bu çok ilginç değildir ve sadece tekrarlama grafikleri üretir, ikinci bir diziye de sahip olmalısınız.
Sonunda grafiği çizmek ve sonrasında keşfetmek için "Hesapla" düğmesine basın.
Sorular[edit]
Bu proteinlerden herhangi biri birbiriyle ilişkili görünüyor mu? Ortak bölgeler hangileridir? Peki bu üç protein için elde ettiğiniz sonuçları gene aynı proteinlerin SwissProt veritabanında açıklamalı olarak belirtilen tekrar ve alan mimarileri ile karşılaştırdığınızda, size anlam ifade ediyor mu? (linkler aşağıda).
http://www.expasy.org/uniprot/LCK_HUMAN